Die Faustregel besagt: je weniger Luft und Fremdsubstanzen an die EM-Produkte geraten umso länger halten Sie. Offenstehende oder mit klarem Wasser gemischte Lösungen halten nur wenige Tage, wogegen Original oder gut verschlossene Gefäße (also anaerob gelagert) teilweise über ein Jahr haltbar sind. In der Anwendung überleben die Mikroorganismen je nach Zielmilieu zum Teil mehrere Monate bis Jahre. In der Erde z.B. überleben Mikroorganismen wegen der schlechten Sauerstoffzufuhr und der reichhaltigen Versorgung organischer Reste sehr viel länger als z.B. im Haushalt auf glatten Fliesen (hier überleben die EMs nur wenige Tage). Dieses Kriterium muss man bei Anwendungsintervallen entsprechend einkalkulieren.
Auch die Temperatur spielt eine Rolle. Bei sehr warmen Temperaturen sind Bakterien besonders aktiv. Sie verstoffwechseln wie wild Kohlenhydrate, organische Reste und Gase. Dies führt schnell zu Nährstoffmangel und dem Sterben der Bakterien. Die optimale Lagertemperatur von 8-28 Grad sollte deshalb eingehalten werden.
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